Kurikulum menjadi instrumen penting dalam proses pendidikan. Kurikulum ditetapkan berdasarkan profil yang akan dihasilkan dari program studi. Profil lulusan menjadi acuan penetapan Capaian Pembelajaran Lulusan (CPL) dan Capaian Pembelajaran Mata Kuliah (CPMK) serta mengacu pada Standar Nasional Pendidikan Tinggi (SN-DIKTI). CPL dan CPMK memuat keterampilan, sikap, dan pengetahuan yang akan diperoleh mahasiswa. Mahasiswa yang menempuh studi pada prodi harus mempelajari bahan kajian agar mencapai profil lulusan. Bahan kajian menjadi dasar menyusun mata kuliah.
Program studi S2 Pendidikan Sains FMIPA UNY pada tahun 2025 melakukan peninjauan kurikulum sebagai upaya untuk menghasilkan lulusan yang mampu bekerja dan bersaing di era 5.0. Upaya melakukan peninjuan kurikulum melalui proses evaluasi pengukuran capaian lulusan, studi kebutuhan dan relevansi kurikulum oleh pengguna, alumni, dan mahasiswa serta mempertimbangkan perubahan iptek dan kebijkan di Indonesia.