Pada tahun 2013 UNY mengeluarkan kebijakan pengembangan kurilulum berorientasi KKNI untuk semua program studi di UNY, menggantikan Kurikulum 2009 yang berbasis kompetensi, termasuk untuk Program Studi Pendidikan Sains. Pengembangan kurikulum baru ini mengikuti Peraturan Presiden RI  Nomor 8 Tahun 2012, tentang Kerangka Kualifikasi Nasional Indonesia (KKNI), Undang-Undang Republik Indonesia nomor 12 Tahun 2012 tentang Pend. Tinggi (UU Dikti 12/2012),  dan Permendikbud Nomor 73 Tahun 2013 tentang Penerapan KKNI pada Kurikulum Pend. Tinggi. Kurikulum baru ini diimplementasikan sejak tahun 2014, dan direvisi pada 2016 dengan melibatkan para alumni, user, dan stakeholder menjadi kurikulum yang disebut sebagai Kurikulum 2016.

     Kurikulum ini merupakan revisi dari Kurikulum 2019  sedangkan Kurikulum 2016  merupakan revisi dari Kurikulum 2016 yang didasarkan pada Permendikti Nomor 44 Tahun 2005 tentang Standar Nasional Pendidikan Tinggi,  Permenristekdikti Nomor 35 Tahun 2017 tentang Statuta UNY, Permenristekdikti Nomor 50 Tahun 2018 tentang Perubahan Atas Peraturan Ristekdikti Nomor 44 Tahun 2015 Tentang Standar Nasional Pendidikan Tinggi, Panduan Penyusunan Kurikulum Pendidikan Tinggi di Era Industri 4.0. Edisi Ketiga Tahun 2018, diterbitkan Ditjen Pembelajaran dan Kemahasiswaan, Kemenristekdikti, serta perkembangan IPTEK dan perubahan kondisi sosial masyarakat, serta hasil evaluasi terhadap Kurikulum 2019.

Adapun Struktur kurikulum Program Studi Magister Pendidikan Sains sebagai berikut. 

1. Jenis mata Kuliah

       Kurikulum Program Studi Magister Pendidikan Sains terdiri atas 40 sks yang dikelompokkan ke beberapa jenis mata kuliah berikut.

1) Mata Fondasi Kilmuan (kode MFI)

2) Mata Kuliah Keprodian (kode PSN)

MK Keprodian dibagi tiga Kelompok:

1. Mata Kuliah Spesifik Prodi Wajib (kode PSN)
2. Mata Kuliah Spesifik Prodi Pilihan (kode PSN)
3. Mata Kuliah Matrikulasi (kode MAT)

2. Rekapitulasi Mata Kuliah

Rekapitulasi status mata kuliah wajib, pilihan, dan matrikulasi disajikan pada tabel 6. Mata kuliah wajib dimaksudkan mata kuliah yang wajib ditempuh, sedangkan mata kuliah pilihan  dapat dipilih dari pilihan yang disediakan, dan mata kuliah matrikulasi adalah mata kuliah S1 yang diperlukan bagi mahasiswa S2 namun di S1 belum ditempuh. Oleh karena itu mata kuliah ini  tidak dimasukkan dalam transkrip nilai, dan nilainya tidak ada, hanya berupa keterangan lulus atau tidak lulus.

Tabel 6. Rekapitulasi Mata Kuliah

3. Struktur Mata Kuliah

Struktur mata kuliah yang meliputi kode mata kuliah, nama matakuliah, jenis mata kuliah (kuliah/tutorial/responsi, seminar, praktikum, praktik lapangan) bobot sks, dan status mata kuliah (wajib, pilihan, matrikulasi) disajikan pada tabel 7.

Tabel 7. Struktur Mata Kuliah Magister Pendidikan Sains

Keterangan :

-Kode warna  : biru     wajib                               kuning: pilihan                                       ungu: matrikulasi

​​​​​​​-Mahasiswa hanya mengambil mata kuliah pilihan 4 sks dari 12 sks yang disediakan

-Mahasiswa dengan latar belakang S1 non kependidikan wajib mengambil semua mata kuliah matrikulasi (13 sks)

-* Wajib diambil oleh mahasiswa yang berlatar belakang S1 non Pendidikan Sains/IPA

-** Wajib diambil oleh mahasiswa yang berlatar belakang S1 Pend. Fisika

-***Wajib diambil oleh mahasiswa yang berlatar belakang S1 Pend. Biologi dan Pend. Kimia

Sesuai SN-Dikti, isi mata kuliah diwajibkan memanfaatkan hasil-hasil penelitian dan pengabdian kepada masyarakat. Tingkat kedalaman dan keluasan isi mata kuliah mengacu pada CPL paling sedikit menguasai teori dan teori aplikasi bidang pengetahuan tertentu secara kumulatif/integratif.